Las vacas lecheras son susceptibles a una gran cantidad de enfermedades y trastornos. Las buenas prácticas de manejo pueden ayudarle a evitar problemas de salud entre sus vacas, pero también puede mejorar la resistencia del ganado a enfermedades mediante la selección genética. Al realizar una selección genética por mejor salud, sus vacas permanecerán más tiempo en su rebaño.
Las enfermedades infecciosas como mastitis, neumonía e infecciones de la pezuña requieren tratamientos con antibióticos. Hoy hay una preocupación mundial creciente, ya que el uso no restringido de antibióticos puede provocar el desarrollo de cepas bacterianas resistentes que pueden poner en peligro el tratamiento de muchas enfermedades, aún en humanos. Las enfermedades metabólicas como la cetosis, la hipocalcemia y el abomaso desplazado son un desafío en muchas granjas lecheras y requieren tratamientos e incluso procedimientos quirúrgicos. Estos pueden ser tratamientos costosos y suponen grandes pérdidas y un detrimento para el bienestar animal. Las enfermedades reproductivas como la placenta retenida y la metritis pueden provocar retrasos en la preñez e incluso la ausencia de ésta, lo que puede derivar en un descarte involuntario de vacas. Un denominador común para todas las enfermedades y trastornos que afectan a las vacas lecheras son las pérdidas económicas debido a una reducción en la producción de leche, a los costos de los tratamientos, a una mayor carga de trabajo, al detrimento del bienestar animal y al uso no deseado de antibióticos.